ETF는 펀드이기 때문에 보수(운용, 설정, 환매, 사무관리, 수탁)가 기본적으로 발생하며 또한 ETF를 매매할 경우엔 증권사에 위탁수수료를 부담해야 합니다. 즉 펀드자체의 보수와 위탁수수료라는 두 개의 비용구조를 가지고 있습니다. 펀드보수는 펀드의 수익률을 낮추어 벤치마크 지수를 따라가지 못하게 만드는 요인이나 펀드가 보유한 주식의 대차를 통한 수수료 수입 등 운용을 통한 수익은 펀드보수를 절감할 수 있는 측면이 있습니다. 하지만 잦은 단기거래를 할 경우, 위탁수수료가 증가되기 때문에 투자자 자신의 투자패턴 및 전략을 사전에 충분히 검토한 후 단기매매에 임하는 것이 바람직합니다.

ETF는 실제 주식을 보유하기 때문에 만일 ETF가 보유한 주식의 기업이 부도가 발생할 경우, 펀드의 일부 자산은 환매가 불가능합니다. KOSPI200 지수를 추종하는 ETF의 경우 보유한 종목편입비중만큼의 신용위험에 노출됩니다. 때론 부도위험이 있는 종목을 편입하지 않음에 따라 추적오차가 발생하는 경우도 발생합니다. 이러한 위험을 회피하면서 추적오차를 최소화하는 것이 집합투자업자의 노하우이고 운용능력의 차별성입니다.
그러나 기본적으로 ETF에는 최소한 10개 이상의 주식이 분산 편입되어 있기 때문에 신용위험은 개별 주식 또는 채권에 투자한 것에 비해 매우 작다고 할 수 있습니다.

레버리지·인버스 등 파생형 투자상품은 추적대상 지수의 일간변동률의 2배수, -1배수 등과 유사하도록 운용하는 것을 투자목적으로 하고 있으나, 일시적인 가격 변동, 투자신탁보수, 위탁매매수수료, 지수사용료, 상장수수료 등 관련 비용의 지출 등 현실적 제한으로 인하여 추적대상 지수와 동일한 수익률이 실현되지 아니할 가능성이 있습니다.
레버리지·인버스 상품은 투자기간만큼의 기초자산 가격 상승분(2배, -1배, -2배 등)을 추종하는 것이 아니라 일간수익률의 상승분(2배, -1배, -2배 등)을 목표로 하고 있으므로, ETF 매도시 투자한 기간 동안의 수익률에 대한 2배 수익률이 실현되지 아니할 가능성이 존재합니다. 따라서, 레버리지·인버스 상품은 장기투자에 적합하지 않은 상품입니다.

ETF의 경우도 일정 요건이 되면 상장이 폐지됩니다. 즉 신탁원본액(자본금) 순자산총액이 50억원 미만인 경우, 유동성공급 계약을 체결한 LP가 1사 미만인 경우, 또는 ETF의 1좌당 순자산 가치의 일간변동률과 ETF 기초지수의 일간변동률의 상관계수가 0.9미만이 디어 3개월 이상 지속되는 경우 등에는 상장 폐지됩니다.
다만 ETF는 일반 기업의 주식과는 다르게 상장폐지가 되더라도 펀드가 보유하고 있는 주식을 모두 매도해 현금화한 후 이를 투자자에게 지급합니다. 따라서 상장 폐지되더라도 신탁재산이 남아있는 한 투자자는 금전적인 손실을 입지 않습니다.